因直接使用碳、柴熬煮而过热，马骨中的一些营养被流失或在熬煮、凝固过程中焦化；也有可能产生一些不好的杂质而又难以察觉。
手工熬煮马膏不易成型，因此一些工厂会在制作的过程中加入马皮以增加粘度，方便帮助马膏定型。
难以确保质量的稳定性，因不可控制在熬煮过程中各项技术数据。
因马膏的营养含量很高，这也为细菌、霉菌制造了顺利的寄生和发展环境。传统的煮膏环境和卫生标准不能达到预防细菌和霉菌侵犯的要求。
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