Quá nhiệt vì nấu trực tiếp bằng than củi, nhiệt độ không ổn định hoặc quá cao dẫn đến các dưỡng chất sẽ bị phân hủy hoặc cháy trong quá trình đun sôi và cô đặc; có thể sinh ra những phụ phẩm không tốt và không kiểm soát được.

Quá trình nấu thủ công sẽ cho ra sản phẩm dạng cao bánh nên một số cơ sở sản xuất pha thêm da ngựa để tăng tính kết dính, thuận tiện cho việc định hình bánh cao.

Khó kiểm soát về tính ổn định của chất lượng vì các thông số kỹ thuật trong quá trình nấu không được kiểm soát.

Hàm lượng các chất dinh dưỡng của cao xương ngựa rất cao nên cũng chính là môi trường rất thuận lợi cho vi khuẩn, nấm mốc ký sinh và phát triển. Môi trường nấu cao truyền thống không đạt được những tiêu chuẩn vệ sinh để đảm bảo ngăn ngừa các loại vi khuẩn, nấm mốc. Vì thế sau khi nấu, cao ngựa rất dễ bị nấm, hỏng - không những không có tác dụng mà còn gây hại cho sức khỏe người dùng.